Folyóiratcikk
Kvantitatív genomméret-becslés a növényfajta vizsgálatok eszközeként
Megjelent:
2024-09-30
https://doi.org/10.12666/dyrths57
Szerzők
Megtekintés
Kulcsszavak
vörös csenkesz (Festuca rubra) nádképű csenkesz (Festuca arundinacea) 2C-érték monoploid genomméret flow citometria
Licenc
Copyright (c) 2024 Anita Lepossa, Mihály Czinkoczky, Szabolcs Tamás Nagy
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Hogyan hivatkozzuk
Kiválasztott formátum:
APA
Lepossa, A., Czinkoczky, M., & Nagy, S. T. (2024). Kvantitatív genomméret-becslés a növényfajta vizsgálatok eszközeként. Növénytermelés, 73(3), 89-104. https://doi.org/10.12666/dyrths57
Absztrakt
A növénytudományok terén a ploidiafok és a genomméret becsléséhez legáltalánosabban alkalmazott módszer a flow citometria. A Kew Növényi Genomméret Adatbázisban jelenleg több mint 12 ezer növényfajra rendelkezésre álló adatok túlnyomó többségét ezzel a módszerrel becsülték. Az Adatbázis azonban mind a mai napig meglehetősen hiányos a gyepalkotó, évelő fűfajokat illetően.
A MATE Georgikon Campus Sejtanalitikai Laboratóriumában Beckman Coulter FC500 típusú citométerrel végzett vizsgálatunkban két hazai gyepalkotó fűfaj, a nádképű csenkesz (Festuca arundinacea) és a vörös csenkesz (Festuca rubra) két-két regisztrált, ismert ploidiafokú fajtájának genomméretét (2C-érték) becsültük csíranövényekből, rozs (Secale cereale), illetve borsó (Pisum sativum) növényi kontrollok mellett. Eredményeinket a Kew Adatbázisban található publikált adatokkal kiegészítve számítottunk genomméretbeli eltérést a két csenkeszfaj között.
Valamennyi minta genommérete az adott csenkeszfajra a Kew Adatbázis szerinti mérettartományba esett. A vörös csenkesz esetében a hexaploid fajta genommérete (12,25±0,81 pg DNS) és az oktoploid fajta számított 2C értéke (17,12±0,58 pg DNS) között 1,4-szeres eltérés mutatkozott. A nádképű csenkesz minták esetében a két eltérő ploidiájú fajta genommérete a várttal ellentétben lényegében azonos értéket mutatott (13,93±0,15; illetve 13,53±0,14 pg DNS), ami megkérdőjelezte az egyik minta fajtaazonosságát. Ezt utólag a fajtahosszabbításhoz elvégzett DUS-vizsgálat eredménye igazolta. Méréseink alapján a vörös csenkesz fajták esetében 5990 (6n), illetve 8371 (8n) megabázispár, nádképű csenkesz minták esetében pedig 6810 (6n) Mbp DNS-hosszt kalkuláltunk. A monoploid genom mérete a Kew adatbázisban szereplő adatokat is figyelembe véve a nádképű csenkesz esetében mintegy 29%-kal meghaladja a vörös csenkeszét. Saját vizsgálatunk esetében ennél kevesebb, mindössze 6–11% eltérést tudtunk igazolni. A genomméret nemzetségen belül fajok közötti, és fajon belüli változatosságának kimutatására az FCM módszer hasznos eszköz botanikai vizsgálatokban, a növénynemesítő- és fajtafenntartó munkában, de ígéretes lehet regisztrált fajták vetőmag- illetve fajtavizsgálata során a fajtatisztaság, fajtaazonosság kizárására is.
A MATE Georgikon Campus Sejtanalitikai Laboratóriumában Beckman Coulter FC500 típusú citométerrel végzett vizsgálatunkban két hazai gyepalkotó fűfaj, a nádképű csenkesz (Festuca arundinacea) és a vörös csenkesz (Festuca rubra) két-két regisztrált, ismert ploidiafokú fajtájának genomméretét (2C-érték) becsültük csíranövényekből, rozs (Secale cereale), illetve borsó (Pisum sativum) növényi kontrollok mellett. Eredményeinket a Kew Adatbázisban található publikált adatokkal kiegészítve számítottunk genomméretbeli eltérést a két csenkeszfaj között.
Valamennyi minta genommérete az adott csenkeszfajra a Kew Adatbázis szerinti mérettartományba esett. A vörös csenkesz esetében a hexaploid fajta genommérete (12,25±0,81 pg DNS) és az oktoploid fajta számított 2C értéke (17,12±0,58 pg DNS) között 1,4-szeres eltérés mutatkozott. A nádképű csenkesz minták esetében a két eltérő ploidiájú fajta genommérete a várttal ellentétben lényegében azonos értéket mutatott (13,93±0,15; illetve 13,53±0,14 pg DNS), ami megkérdőjelezte az egyik minta fajtaazonosságát. Ezt utólag a fajtahosszabbításhoz elvégzett DUS-vizsgálat eredménye igazolta. Méréseink alapján a vörös csenkesz fajták esetében 5990 (6n), illetve 8371 (8n) megabázispár, nádképű csenkesz minták esetében pedig 6810 (6n) Mbp DNS-hosszt kalkuláltunk. A monoploid genom mérete a Kew adatbázisban szereplő adatokat is figyelembe véve a nádképű csenkesz esetében mintegy 29%-kal meghaladja a vörös csenkeszét. Saját vizsgálatunk esetében ennél kevesebb, mindössze 6–11% eltérést tudtunk igazolni. A genomméret nemzetségen belül fajok közötti, és fajon belüli változatosságának kimutatására az FCM módszer hasznos eszköz botanikai vizsgálatokban, a növénynemesítő- és fajtafenntartó munkában, de ígéretes lehet regisztrált fajták vetőmag- illetve fajtavizsgálata során a fajtatisztaság, fajtaazonosság kizárására is.
