Varga Zoltán történész professzor igen ellentmondásos időszakban töltötte be a Kossuth Lajos Tudományegyetem rektori tisztségét. A nagypolitikában már Magyarországon is érződött a Sztálin halála után a Szovjetunióban bekövetkezett enyhülés hatása, a hazai kommunista vezetés ragaszkodása a hatalomhoz azonban megakadályozta az érdemi változtatásokat. Az egyetemi szervek reform javaslatai sorra leperegtek a politikai vezetésről. Az oktatók és hallgatók így Debrecenben vezető szerepet vállaltak az 1956. októberi forradalom helyi eseményeiben. Varga Zoltán rektor – akit a forradalmi vezetés leváltott pozíciójából – a forradalom leverése után, tisztségébe visszatérve, sokat tett kollégáinak és hallgatóinak a megtorlásoktól való mentésében. Betegsége miatt azonban még 1957 tavaszán lemondott tisztségéről.