A világhírű teológus professzor életének meghatározó része kötődött Debrecenhez. 1928 és 1932 között a Debreceni Tudományegyetem Hittudományi Karán tanult, itt szerezte meg a diplomáját, majd 1942-ben itt lett a teológia doktora. Ugyanezen a karon nevezték ki 1945 végén nyilvános rendkívüli, majd 1949 nyarán nyilvános rendes egyetemi tanárrá. Az 1949/50-es tanévben a Hittudományi Kar dékánjaként őrá hárult az egyetemről hatalmi szóval leválasztott és önálló intézménnyé vált Tiszántúli Egyházkerület Debreceni Teológiai Akadémia szervezeti rendjének kialakítása. Itt dolgozott intenzíven az új bibliafordításon 1947 és 1964 között. 1966-ban az egyházi vezetés Pákozdyt a tanszékével együtt áthelyezte Debrecenből a Budapesti Református Teológiai Akadémiára, ahol mintegy két évtizeden át oktatta a leendő lelkipásztorokat. A vallástörténész Pákozdy professzort két külföldi egyetem avatta díszdoktorává az Ószövetség, illetve a Holt-tengeri tekercsek tudományos vizsgálatáért, valamint a Biblia új magyar nyelvű fordításáért. Élete alkonyán vált lehetővé számára az MTA nyelvtudományok doktora fokozat megszerzése.