Bodnár János, az Orvosi Vegytani Intézet igazgató professzoraként nemcsak az első éves orvostanhallgatókat oktatta, hanem – természettudományi kar híján – a bölcsészkaron lévő tanárképzésbe is bekapcsolódott vegytan szakos tanárjelöltek és kémiából doktorálni vágyók képzésével szakelőadóként. Az 1943/44-es tanévben viselte a debreceni egyetem rektori tisztét, amelyet a háborús körülmények tettek nehézzé. A következő 1944/45-ös tanévben a távollévő és a harcok miatt Budapesten rekedt új rektor, Hankiss János helyett rektorhelyettesként vezette újra az egyetemet, főként a háborús károk ideiglenes rendbehozatalára és az oktatás feltételeinek biztosítására koncentrálva.