A17-18. században. Jezsuiták 1566-ban alapítottak gimnáziumot Olmützben, melyet 1576-ban a filozófiai, 1582-ben teológiai fakultással egészítettek ki. A jezsuita oktatási rendszert leíró dokumentum a Ratio et institutio studiorum az oktatást három lépcsőfokra osztotta, melynek legmagasabb szintjét studia superioranak nevezték, és a filozófiát és teológiát foglalta magában. A második évtől a diákok matematikát, asztronómiát és geográfiát, a harmadik évben 1637-től kezdve etikát tanultak. A jezsuiták a természettudományok oktatásának nem szenteltek különösebben nagy figyelmet, mivel ezek a tárgyak az egyház tekintélyét aláásták és az alapvető egyházi dogmáknak ellentmondtak. Ennek következtében a 17. század második felében és a 18. század elején csak nagyon sporadikusan fejlődött ki egzakt természettudományos kutatás és oktatás. Mégis az olmützi egyetemen voltak olyan oktatók, akik matematikai, fizikai és csillagászati kutatással foglalkoztak, köztük számos külföldi származású tudós. A skolasztikus disputációkban az egyházi hatóságok által jóváhagyott témák, többnyire ellentmondásos témák kerültek elő. Ennek ellenére itt is találkozunk természettudományos témákkal filozófia, biológia, kémia, fizika és matematika tárgykörében, bár korántsem akkora létszámban, mint az kívánatos lett volna.