Debrecen városában az 1831-ben behurcolt kolera nagy pusztítást végzett, a lakosság majd 7,5%-a vesztette életét a járványban. Gyógymódot még nem ismertek a kortársak, ezért megelőző intézkedésekkel (lezárások, karantén) próbálták útját állni a járvány terjedésének. Már a betegség híre nyugtalansággal töltötte el a professzorokat, akik a várostól igyekeztek a legfrissebb híreket beszerezni. Sokáig ellenálltak az iskola bezárásának, de amikor a járvány július végén elkezdte szedni halálos áldozatait a városban, mégis kénytelenek voltak lépni. A diákság jelentős része már korábban elhagyta az iskolát, akik viszont maradtak, azokról a professzorok gondoskodtak. A járványhelyzet romlásával felmerült a város részéről annak a gondolata is, hogy a kollégiumot kórházzá alakítják át, de végül a professzorok és a kollégiumi főgondnok tiltakozása következtében ettől elálltak. Az iskolai rend végül csak a késő őszre állta helyre. Az 1866-os lokális járvány idején csak rövid időre halasztották el az iskolaév megkezdését.